とりあえずTeX関係のportsをすべて入れてしまったので明確に言えないかもしれませんが、
ひとまず。

日本語を含むTeX文書を作成・PDF化する場合には「dvipdfmx」コマンドが必要。
これはWindows版での経験があったので容易に想像できた。
導入まで手間取ったが、「make search keyword=dvipdfmx」ぐらいで検索してみたところ、「japanese/platex-otf」パッケージにdvipdfmxが含まれてい ることが分かり、これを導入したところ何の問題もなくPDFの作成ができるようになった。

文字コードはEUC-JPで確認したが、おそらくShiftJISでもUTF-8でも動くはず。(実証してから報告する)

文字コードが違うだけの問題なら、qkcでも導入して変換すればいいこと。